Situada en la zona portuaria de Barcelona, la Nueva Aduana se encuentra en el área de expansión de los nuevos muelles de carga y descarga y sustituye la antigua aduana, instalada en un edificio del siglo XVIII próximo al Port Vell. La nueva construcción buscaba monumentalizar la entrada marítima a la ciudad y, al mismo tiempo, pretendía racionalizar las operaciones de control y tasación de mercancías.

En este proyecto, Sagnier contó con la colaboración del arquitecto Pere Garcia Fària, especialista en el saneamiento de la ciudad e ingeniero de caminos, canales y puertos. El encargo fue formulado en el año 1890, pero el proyecto no fue aprobado hasta 1895, tras sufrir muchas dificultades y reformas. El edificio adopta una disposición en planta en forma de H, ya que la idea inicial de los técnicos de aduanas era que las mercancías entraran por uno de los extremos, pasaran por el salón de reconocimientos y salieran por el otro extremo; pero en la práctica su utilización no pudo ser tan racional debido a los trámites burocráticos.

Exteriormente el edificio adopta un aspecto monumental, con ciertas resonancias de la arquitectura centroeuropea, especialmente en la fachada que da a la ciudad, mientras que por la parte de los muelles las líneas arquitectónicas son más sobrias. El cuerpo central está coronado por dos grandes águilas, obra del escultor Eusebi Arnau, y a cada extremo se encuentran cuatro grifos o leones alados. Las crónicas de la época criticaron las excesivas proporciones de estos elementos decorativos «pertenecientes a la fauna» y el hecho de que el edificio no expresara con claridad su destinación.